宣泽生物行业研究

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  3. 测序新秀Oxford Nanopore的成长故事_资讯中心_仪器信息网 http://www.instrument.com.cn/news/20140522/131762.shtml
  4. 【纳米孔CsgG】纳米孔专利之争落下帷幕—新闻—科学网 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2016/8/354777.shtm
  5. 【纳米孔CsgG】牛津纳米孔测序将全面升级，回避Illumina专利之战 http://www.biotech.org.cn/information/140409
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  10. 【重点，综述】Recent advances of DNA sequencing via nanopore-based technologies http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SB/doi/10.1007/s11434-014-0707-6?slug=abstract
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  16. Three decades of nanopore sequencing : Nature Biotechnology : Nature Research http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n5/abs/nbt.3423.html

相关讨论（续）

  1. 纳米孔分析技术起源于Coulter计数器的发明以及单通道电流的记录技术。生理与医学诺贝尔奖获得者Neher和Sakamann在1976年利用膜片钳技术测量膜电势，研究膜蛋白及离子通道，推动了纳米孔测序技术的实际应用进程。1996年，Kasianowicz 等提出了利用α-溶血素对DNA测序的新设想，是生物纳米孔单分子测序的里程碑标志。随后，MspA孔蛋白、噬菌体Phi29连接器等生物纳米孔的研究报道，丰富了纳米孔分析技术的研究。Li等在2001年开启了固态纳米孔研究的新时代。经过十几年的发展，固态纳米孔技术日益发展成熟。
  2. 我觉得吧，癌症早筛是标志物的局限性，确诊诊断阶段来说没有这么强的仪器要求，多指标联检注册起码是大麻烦，市场接受度有限，数康不就是多指标么。这个的强项又不是大数据，仪器突破么，多指标要数据支撑的。这个项目应该是蛋白指标联检，像数康那种。
  3. 这原理不就是跟luminex一样么
  4. 理由是这样的，要检测肿瘤，一般是蛋白或者细胞和DNA，但血液中物质这么多，要这么快同时检测多种肿瘤的蛋白、细胞、DNA，而且还要敏感性和特异性都高。更大的可能就是，像CA199或CA125一样，测出来有点，然后建议进一步检查，这只是让大家过度检查的。
  5. 一言以蔽之，不觉得现在肿瘤早筛有什么靠谱项目。大家多关注美国natera就好了，他们如果出来了，这个领域才可能靠谱。唯一靠谱的应该就是群里大佬们投过的大便检测大肠癌。美国exas公司市值几十亿美金了。这个公司的股票，我以前的老板15块买的。所以如果early stage的诊断能做好，那么美国肯定是可以找到几十亿美金的对标公司。没有对标公司，我武断的觉得，就是忽悠卖服务赚钱。康立明国内有类似公司。另外大家可以问下大佬们自己有没有私人医疗顾问给他推这个检测。我们以前老板就是很早就知道美国有这个大便检测，发现了投资机会。不要说fda有没有最后批，大规模的临床结果一出来，大鳄们就会去试了，一年就算6000美金一次，只要阳性率有个70%-80%，他恨不得每季度做一次。
  6. 我的看法是，想高速检测出多种肿瘤，而且还要保证敏感性和特异性，在现阶段是不可能的任务。
  7. 肠癌早筛，国外有exact science，国内有诺辉、康立明，还有走血液分子标志物的博尔诚，都已经进展很快了。类似的领域肺癌早筛，目前看还没有那家特别领先，大家可以关注一下。肺癌早筛是下一步，最直接的问题是CT之后肺结节的良恶性鉴别。图像AI的有几家，分子标志物的国外有上市公司有exact science，veracyte，oncocyte，没上市的integrated diagnostics，oncimmune，epigenomics，走大而全路线的grail，guardent health之类。国内产品获批的有上海格诺，杭州凯保罗，杭州今复康（启明投的），在研的有甲基化路线公司的基准医疗，鹍远基因，其他的梅傲生物（引进20/20），鑫诺美迪，命码生物，康立明，呼呼健康，还有做肿瘤的公司也在做，世和，思路迪。癌症早筛，我觉得5年之内，类似Grail之类的普筛产品获得审批实现不了，但是单项突破预计是会实现，我有一个想法，叫456计划，用5年的时间，推出针对6种最高危的癌种的筛查（肺肝肠胃食管乳腺），市场价控制在4000块以内，而且每种产品都有证儿。单个公司可能实现不了，但是可以打包各个单项突破的公司的产品，比如肠癌用诺辉或者康立明，肺癌的上面的公司里挑一家。
  8. 宣泽生物是蛋白+基因检测，12个聚合体，里面可以加探针的. 但是这里面有很多技术细节还没有完善，他们也在和牛津纳米孔合作。肺癌广州还有一家公司 好像凯保罗是七个抗原 广州公司是18个抗原。乳腺癌早筛德国回来一个团队 是RNA+甲基化 多技术路径。
  9. 肺癌诊疗流程（收费数据为广东省的物价）：A.  若病人有疑似症状，先做平扫CT，收费460元（做增强CT收费800多元，但很多病人造影剂过敏），医保报销。B.  同时抽血做肿瘤标志物 CEA SCC CF211 CA199 NSE等，全套检测收费1000多元，医保报销。C.  平扫CT和血清肿瘤标志物均显示阳性症状，有条件的病人推荐做PET-CT ，收费8000多元（自费），或者做脑部NMR、胸部CT等拼接，分开做医保报销，但要去多个地方，等的时间比较长。D.  最后需要做病理活检确认，经皮穿刺或纤支镜取组织样本，然后送到病理科做免疫组化，平均一个病人在病理科的花费3000多元，有些病人检测项目多，5000多元，可以医保报销。影像学显示的肺部结节假阳性率太高，血液肿瘤标志物又不准确。若是能找到肺癌优于现有血液学肿瘤标志物的新Marker，将会很有价值。
  10. 凯保罗商业化做的不错。

郭培宣教授

  1. Peixuan Guo http://rnanano.osu.edu/Guo/peixuanguo.html
  2. Peixuan Guo - Publications http://rnanano.osu.edu/Guo/publications.html
  3. 郭培宣教授：Peixuan Guo | Biomedical Engineering https://bme.osu.edu/people/guo.1091
  4. Peixuan Guo | University of Kentucky, Kentucky | on ResearchGate | Expertise: Virology, Biotechnology https://www.researchgate.net/profile/Peixuan_Guo
  5. 《RNA Nanotechnology and Therapeutics》 Peixuan Guo, Farzin Haque https://www.amazon.cn/%E5%9B%BE%E4%B9%A6/dp/1466505664/479-9521879-4849448

癌症统计学数据

  1. 2015中国癌症统计数据（全文） - 研究报告 - 数据 - CPI http://www.cpi.gov.cn/publish/default/yjbg/content/2016090210310519036.htm
  2. Cancer statistics in China, 2015. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26808342

国际会议

  1. First Conference on Biomotors, Virus Assembly, and Nanobiotechnology Applications - The Ohio State University August 16-19, 2017 https://rnanano.osu.edu/Guo/Biomotor2017/Biomotor2017.html
  2. 国际纳米孔技术检测应用(深圳)学术研讨会 http://www.nmjs0331.com/index.html

专家指南

  1. 【乳腺癌 指南】中国抗癌协会乳腺癌诊治指南与规范(2015版)
  2. 【肺癌 指南】中国原发性肺癌诊疗规范(2015 年版)
  3. 【肺癌 亚洲肺腺癌突变基因】助力精准医学 | 最新研究发现亚洲肺腺癌突变基因 https://mp.weixin.qq.com/s/bnYMCSHXTbwyFwD4UfDRKw
  4. 【胰腺癌 指南】NCCN临床实践指南：胰腺癌（2016.V1） http://guide.medlive.cn/guideline/10699
  5. 【胰腺癌 指南】胰腺癌综合诊治中国专家共识(2014年版)
  6. 【结直肠癌 指南】中国结直肠癌诊疗规范(2015版)
  7. 【肝癌 流行病学】《中国原发性肝癌临床登记调查》初步结果震撼发布 https://mp.weixin.qq.com/s/aOJ7TxSF9wG5of20-evGJw
  8. 【NCCN 乳腺癌指南】NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/default.aspx
  9. 【NCCN 乳腺癌指南】NCCN Guidelines Insights: Breast Cancer, Version 1.2017 http://www.jnccn.org/content/15/4/433.full

核心文献

  1. 主要用到的蛋白孔道除了α-hemolysin、mspA、phi29之外，还有CsgG， aerolysin, FluA, OmpF/G, ClyA。其它一些还在开发的蛋白孔有SP1，SPP1，T3，和T4。
  2. 【重点，综述】Recent advances of DNA sequencing via nanopore-based technologies http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SB/doi/10.1007/s11434-014-0707-6?slug=abstract
  3. 【重点，1996 Science，α-hemolysin】Structure of staphylococcal alpha-hemolysin, a heptameric transmembrane pore. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8943190
  4. 【重点，nature，2008】Access : The potential and challenges of nanopore sequencing : Nature Biotechnology https://www.nature.com/nbt/journal/v26/n10/full/nbt.1495.html
  5. 【重点，2010 PNAS，MspA应用于纳米孔测序】Nanopore DNA sequencing with MspA http://www.pnas.org/content/107/37/16060.short
  6. The bacteriophage straight phi29 portal motor can package DNA against a large internal force. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11607035
  7. Construction and 3-D computer modeling of connector arrays with tetragonal to decagonal transition induced by pRNA of phi29 DNA-packaging motor. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16060143/
  8. 【2013年】Solid-state and biological nanopore for real-time sensing of single chemical and sequencing of DNA - ScienceDirect http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1748013212001454
  9. 【2010年】Dual-Channel Single-Molecule Fluorescence Resonance Energy Transfer to Establish Distance Parameters for RNA Nanoparticles https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2990273/
  10. 【重点，2009 Nat Nanotechnol，郭培宣老师核心文章之一】Translocation of double-stranded DNA through membrane-adapted phi29 motor protein nanopores. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19893523
  11. Robust properties of membrane-embedded connector channel of bacterial virus phi29 DNA packaging motor. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20523933
  12. One-Way Traffic of a Viral Motor Channel for Double-Stranded DNA Translocation https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2935672/
  13. 【2009年】Single-nucleotide discrimination in immobilized DNA oligonucleotides with a biological nanopore http://www.pnas.org/content/106/19/7702.short
  14. 【2006年】Determination of RNA Orientation during Translocation through a Biological Nanopore - ScienceDirect http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006349506722020
  15. Development of solid-state nanopore fabrication technologies http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SB/60/3/10.1007/s11434-014-0705-8
  16. 固态纳米孔：下一代DNA测序技术-原理、工艺与挑战 http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SSV/44/7/10.1360/N052014-00091

核心文献（续）

【Aerolysin】

  1. 【2016年】Driven Translocation of Polynucleotides Through an Aerolysin Nanopore - Analytical Chemistry (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.6b01514
  2. 【2016年】Discrimination of oligonucleotides of different lengths with a wild-type aerolysin nanopore : Nature Nanotechnology : Nature Research https://www.nature.com/nnano/journal/v11/n8/full/nnano.2016.66.html
  3. 【2013年】Single Protein Molecule Detection by Glass Nanopores - ACS Nano (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nn4004567
  4. 【2011年】Dynamics of Unfolded Protein Transport through an Aerolysin Pore - Journal of the American Chemical Society (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja1073245
  5. 【2006年】Transport of α-Helical Peptides through α-Hemolysin and Aerolysin Pores - Biochemistry (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi0604835

【CsgG】

  1. 【重点，2017年】De novo whole-genome assembly of a wild type yeast isolate using nanopore sequencing - F1000Research https://f1000research.com/articles/6-618/v1
  2. 【重点，2017年，Wellcome Open Res】Robust long-read native DNA sequencing using the ONT CsgG Nanopore system https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5426553/
  3. 【2016年，Genomics, Proteomics & Bioinformatics】Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly - ScienceDirect http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022916301309
  4. 【2016年，Nature Biotechnology】Nanopore development at Oxford Nanopore : Nature Biotechnology : Nature Research https://www.nature.com/nbt/journal/v34/n8/full/nbt.3622.html
  5. 【2016年，Nature Biotechnology】Three decades of nanopore sequencing : Nature Biotechnology : Nature Research https://www.nature.com/nbt/journal/v34/n5/full/nbt.3423.html

【FluA】

  1. 【2016年】Enrichment of long DNA fragments from mixed samples for Nanopore sequencing | bioRxiv https://www.biorxiv.org/content/early/2016/04/15/048850
  2. 【2009年】NMR Structure and Dynamics of the Engineered Fluorescein-Binding Lipocalin FluA Reveal Rigidification of β-Barrel and Variable Loops upon Enthalpy-Driven Ligand Binding - Biochemistry (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi900535j

【OmpF/G】

  1. 【2006年】Channel Activity of OmpF Monitored in Nano-BLMs - ScienceDirect http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006349506719312
  2. 【2008年】Rapid screening of membrane protein activity: electrophysiological analysis of OmpF reconstituted in proteoliposomes - Lab on a Chip (RSC Publishing) http://pubs.rsc.org/-/content/articlelanding/2008/lc/b713982a/unauth#!divAbstract

【ClyA nanopore】

  1. 【2015年】A Protein Rotaxane Controls the Translocation of Proteins Across a ClyA Nanopore - Nano Letters (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.nanolett.5b02309
  2. 【2013年】Tuning the Size and Properties of ClyA Nanopores Assisted by Directed Evolution - Journal of the American Chemical Society (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja4053398
  3. 【2012年】An Engineered ClyA Nanopore Detects Folded Target Proteins by Selective External Association and Pore Entry - Nano Letters (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl3024438
  4. 【2011年】Hydrodynamics in Clay Nanopores - The Journal of Physical Chemistry C (ACS Publications) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp204772c

【SP1】

  1. 【2013年】Single-molecule DNA detection using a novel SP1 protein nanopore - Chemical Communications (RSC Publishing) http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2013/cc/c3cc38939a/unauth#!divAbstract
  2. 【2016年】Three-step channel conformational changes common to DNA packaging motors of bacterial viruses T3, T4, SPP1, and Phi29 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682216300733

标志物

  1. 【Thomsen-Friedenreich】The Role of Thomsen-Friedenreich Antigen in Adhesion of Human Breast and Prostate Cancer Cells to the Endothelium | Cancer Research http://cancerres.aacrjournals.org/content/61/12/4851.short
  2. 【Thomsen-Friedenreich】Galectin-3 Interaction with Thomsen-Friedenreich Disaccharide on Cancer-associated MUC1 Causes Increased Cancer Cell Endothelial Adhesion http://www.jbc.org/content/282/1/773.short
  3. Thomsen–Friedenreich antigen - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Thomsen%E2%80%93Friedenreich_antigen
  4. 【Galectin-3 breast】Decreased expression of galectin-3 is associated with progression of human breast cancer. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8691344
  5. 【Galectin-3 breast】Cell Cycle Arrest and Inhibition of Anoikis by Galectin-3 in Human Breast Epithelial Cells | Cancer Research http://cancerres.aacrjournals.org/content/59/16/4148.short
  6. 【Urokinase-dependent plasminogen activator】The urokinase-type plasminogen activator system in cancer metastasis: A review - Andreasen - 1997 - International Journal of Cancer - Wiley Online Library http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/(SICI)1097-0215(19970703)72:1%3C1::AID-IJC1%3E3.0.CO;2-Z/full
  7. 【Urokinase-dependent plasminogen activator】Cellular localization of urokinase-type plasminogen activator, its inhibitors, and their mRNAs in breast cancer tissues - Umeda - 1997 - The Journal of Pathology - Wiley Online Library http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/(SICI)1096-9896(199712)183:4%3C388::AID-PATH943%3E3.0.CO;2-I/full

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